果树学报

2015, v.32(03) 413-419

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‘红阳’猕猴桃全基因组NBS-LRR类基因家族的生物信息学分析
Bioinformatic analysis of the NBS-LRR gene family in kiwifruit‘Hongyang'

文欢;刘永立;

摘要(Abstract):

【目的】分析‘红阳’猕猴桃(Kiwifruit)中含有核苷酸结合位点(Nucleotide binding site,NBS)类基因。【方法】利用Kiwifruit Genome Database、Pfam和Coils Server网站,和Bioedit、MEGA 5.0、Clustal W软件,分析确定‘红阳’猕猴桃的NBS-LRR基因类型、结构和系统发育学关系。【结果】在‘红阳’猕猴桃全基因组中共有96个NBS-LRR类基因,其中27条NBS-LRR类基因分布在基因簇内,可根据其结构进一步划分为20类基因。并对NBS-LRR类基因家族进行了氨基酸多序列比对和系统进化树分析,发现整个NBS-LRR基因家族可分为三个亚家族。【结论】相对其他物种,‘红阳’猕猴桃NBS-LRR类基因总数少,缺少TIR结构,具有LRR结构的基因所占比重低,NBS结构不完整,这些特点可能与其感病性有关联。

关键词(KeyWords): 猕猴桃;生物信息学;基因家族;NBS-LRR

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 浙江省科技厅科技攻关重大农业项目“猕猴桃分子标记辅助育种研究”(项目编号:J31334)

作者(Author): 文欢;刘永立;

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DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20140408

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