果树学报

2017, v.34(07) 790-805

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‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子生物信息学分析
Genome-wide bioinformatics analysis of AP2/EREBP transcription factor in 'Hongyang' kiwifruit

邓浪;沈兵琪;王连春;周军;刘惠民;周凡;李德龙;

摘要(Abstract):

【目的】分析‘红阳’猕猴桃全基因组AP2/EREBP转录因子家族。【方法】利用Kiwifruit Genome Database、EMBI、TAIR、SMART、Pfam、MEME、Protparam、SOPM、SWISS-MODEL、Signal P4.1 Sever网站,和Clustal X2、Bio Edit、MEGA6.0、Map Inspect、MEV软件,分析‘红阳’猕猴桃AP2/EREBP转录因子类型、结构域、系谱进化、蛋白理化性质及高级结构、信号肽分析、基因定位、序列元件和基因表达模式。【结果】‘红阳’猕猴桃全基因组中有204条AP2/EREBP转录因子,根据其结构域划分为4个亚家族。进行多序列比对和系谱进化分析,发现2个亚家族各分为6个亚组。生物信息学分析表明,204条蛋白氨基酸序列高级结构与拟南芥AP2/EREBP转录因子相似性较高。其中存在2条分泌型蛋白。基因定位表明,该家族基因在10号染色体无定位;有染色存在串联复制现象。同源拟南芥基因表达模式分析表明,AP2/EREBP转录因子对外界胁迫有显著性表达。【结论】利用生物信息学方法获得204条猕猴桃AP2/EREBP家族转录因子,并与拟南芥AP2/EREBP转录因子进行系谱进化、结构域、基因定位和同源表达等分析,结果表明猕猴桃AP2/EREBP转录因子在进化过程中比较保守,并参与了植物发育和胁迫应答调控。

关键词(KeyWords): 猕猴桃;AP2/EREBP;转录因子;生物信息学分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家林业局948项目“猕猴桃新品种及分子育种研究技术引进”(2012-4-62);; 云南省林学一流学科建设经费;; 云南省高校林木遗传改良与繁育重点实验室开放基金;; 西南林业大学大学生创新基金(C16063)

作者(Author): 邓浪;沈兵琪;王连春;周军;刘惠民;周凡;李德龙;

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DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20160425

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