果树学报

2019, v.36(02) 129-136

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基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物
A study on efficient screening of the primers for selecting polymorphic SSR markers based on the re-sequencing data in Pyrus

蒋爽;骆军;王晓庆;施春晖;

摘要(Abstract):

【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。

关键词(KeyWords): 梨;重测序;SSR标记;多态性

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 上海市市级农口系统青年人才成长计划(2013TD05);; 上海市种业发展项目(沪农科种字2017-3-2)

作者(Author): 蒋爽;骆军;王晓庆;施春晖;

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DOI:

参考文献(References):

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