果树学报

2009, v.26(03) 394-398

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核桃EST-SSR信息分析与标记的初步建立
Analysis of SSRs information and development of SSR markers from walnut ESTs

朱艳;郝艳宾;王克建;吴春林;王维霞;齐建勋;周军;

摘要(Abstract):

利用生物信息学方法,从dbEST数据库用SSRHunter软件对4 500条核桃EST序列进行搜索,发现462个SSR分布于399条EST序列中,EST-SSR出现频率10.27%,平均每5.65 kb EST出现一个SSR。核桃二核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元,分别占总SSR的49.57%和27.27%。核桃二核苷酸EST-SSR的优势类型为AG,其次为AT,分别占二核苷酸SSR的67.25%和28.38%。核桃三核苷酸EST-SSR的优势重复基元为AAG,其次为ACC、AAT、AGG,分别占三核苷酸SSR的25.40%、21.43%、16.67%和11.11%。用Primer Primer 5.0软件设计了11对引物,对核桃属5个样品进行PCR扩增,10对引物有扩增产物,引物有效扩增率90.9%,其中7对引物有多态性,多态性引物占可扩增引物的70%。表明,利用核桃EST序列开发EST-SSR标记是可行的。

关键词(KeyWords): 核桃;EST;SSR信息

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 北京市科技新星项目(2004B21);; 西南林学院面上科研基金(编号:110611)

作者(Author): 朱艳;郝艳宾;王克建;吴春林;王维霞;齐建勋;周军;

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