果树学报

2016, v.33(04) 416-424

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‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发
Analysis on SSR information in‘Furongli'plum transcriptome and development of molecular markers in Prunus salicina Lindl.

方智振;叶新福;周丹蓉;姜翠翠;潘少霖;

摘要(Abstract):

【目的】明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础。【方法】采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析。【结果】在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51%(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值)。其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72%和18.48%。A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元。对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物。随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性。【结论】李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记。

关键词(KeyWords): 李;SSR;转录组

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 福建省科技重大专项专题(2013NZ0002-1);; 福建省农业科学院创新团队项目(CXTD-1316);福建省农业科学院青年英才计划专项(YC2015-9);; 福建省省属公益类科研院所基本科研专项(2014R1014-13);; 农业部热带种质资源保护项目(15RZZY-51)

作者(Author): 方智振;叶新福;周丹蓉;姜翠翠;潘少霖;

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参考文献(References):

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