果树学报

2014, v.31(06) 1057-1064

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香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3基因组中ORFs的信号肽及分泌蛋白功能预测分析
Prediction and analysis of the signal peptide and secreted proteins in soft rot bacteria XJ8-3-3 genome ORFs of banana

肖文超;范会云;白亭亭;王婉;李华平;

摘要(Abstract):

【目的】利用香蕉细菌性软腐病菌XJ8-3-3全基因组测序结果对其信号肽进行预测和分析,为深入研究其分泌蛋白、明确香蕉与病原微生物互作的分子机制奠定基础。【方法】应用Signal Pv4.1、TMHMMv2.0、THUMBUP、Target P1.1、Lipo P1.0、Tat P1.0、big-PI predictor 7个软件对香蕉细菌性软腐病菌基因组中4 313个ORFs进行预测分析,并通过swisspot数据库预测信号肽所在ORFs的功能。【结果】香蕉细菌性软腐病菌中存在具有信号肽的ORFs 218个,占其基因组编码ORFs的5.05%,其中有184个ORFs属于Ⅰ型信号肽,32个ORFs属于Ⅱ型信号肽,2个ORF为CYT型,未发现Prepilin-like型信号肽的存在。在所有分泌蛋白中,有122个具有可预测的功能,其余96个为功能未知的推定蛋白。【结论】解析了香蕉细菌性软腐病菌基因组ORFs中的信号肽及分泌蛋白的可能功能,发现存在很多果胶酶、蛋白酶、纤维素酶等致病因子和一系列其他可能的致病因子,这为后续致病机理的研究提供了众多候选基因。

关键词(KeyWords): 香蕉细菌性软腐病菌;信号肽;分泌蛋白

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 现代农业产业技术体系建设专项(编号:CAR-32-05)

作者(Author): 肖文超;范会云;白亭亭;王婉;李华平;

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DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20140118

参考文献(References):

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