果树学报

2020, v.37(04) 459-471

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7个蔷薇科物种HPL基因家族的鉴定和特性分析
Identification and characteration of hydroperoxide lyase (HPL) gene family in seven species of Rosaceae

徐博文;李乐跞;李梦;

摘要(Abstract):

【目的】利用生物信息学方法对7个蔷薇科HPL基因家族进行分析,以期更深入地了解蔷薇科HPL家族基因特性,在分子水平上为蔷薇科品种的研究和改良提供候选基因。【方法】用拟南芥HPL基因鉴定白梨、苹果、桃、草莓、西洋梨、黑树莓、梅七种蔷薇科物种的HPL基因,分析HPL基因的结构、保守域、系统进化关系、正选择作用、共线性关系和表达情况。【结果】鉴定确定了31个HPL基因,其中白梨6个,苹果4个,桃3个,草莓5个,西洋梨4个,黑树莓6个,梅3个;大多包含1个或3个内含子;系统进化树显示,HPL基因家族分为A、B和C 3个亚族;进化树上9个节点M0模型的ω都远小于1,平均数为0.174 8;梨、苹果、桃和梅HPL基因间存在较强的共线性关系;梨和苹果果实中检测到HPL基因表达。【结论】鉴定了7个蔷薇科物种共31个HPL基因,每个物种均不少于3个,正选择效应在HPL基因上作用明显。苹果的MDP0000424398、MDP0000225501和梨的Pbr041820.1为表达活跃的功能基因。梨主要表达的HPL基因属于C亚族,苹果主要表达的HPL基因属于B亚族。

关键词(KeyWords): 蔷薇科;脂氢过氧化物裂解酶;HPL;基因家族;系统进化

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 南京农业大学校级教育教学改革研究项目园艺品牌专业专项(2019P007);; 江苏省自然科学基金面上项目(BK20171374)

作者(Author): 徐博文;李乐跞;李梦;

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DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20190395

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