果树学报

2019, v.36(01) 43-55

[打印本页] [关闭]
本期目录(Current Issue) | 过刊浏览(Past Issue) | 高级检索(Advanced Search)

石榴ARF基因家族鉴定及表达分析
Genome-wide identification and expression analysis of auxin response factor(ARF) gene family in Punica granatum

黄贤斌;张太奎;刘翠玉;赵玉洁;魏洪珉;周涧青;苑兆和;

摘要(Abstract):

【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。

关键词(KeyWords): 石榴;ARF基因家族;进化分析;表达分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 南京林业大学高层次人才科研启动基金(GXL2014070);南京林业大学优秀博士学位论文创新基金;; 江苏省普通高校研究生科研创新计划(KYLX16_0857);; 江苏省高校优势学科建设工程项目(PAPD)

作者(Author): 黄贤斌;张太奎;刘翠玉;赵玉洁;魏洪珉;周涧青;苑兆和;

Email:

DOI:

参考文献(References):

扩展功能
本文信息
服务与反馈
本文关键词相关文章
本文作者相关文章
中国知网
分享