果树学报

2019, v.36(03) 257-265

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‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析
Characterization of the complete chloroplast genome of the ‘Huishui Jin Ju'(Citrus erythrosa Hort. ex Tan.)

王小柯;郑乾明;罗怿;柏自琴;李文云;李金强;蔡永强;

摘要(Abstract):

【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。

关键词(KeyWords): 柑橘;叶绿体基因组;高通量测序;SSRs;SNP/InDels

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家现代农业(柑桔)产业技术体系建设专项(CARS-26);; 贵州省科技攻关项目(黔科合NZ[2015]3001)

作者(Author): 王小柯;郑乾明;罗怿;柏自琴;李文云;李金强;蔡永强;

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