果树学报

2018, v.35(04) 393-401

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枣类甜蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析
Identification and bioinformatics analysis of thaumatin-like protein gene in Chinese jujube

刘潮;韩利红;王海波;高永;唐利洲;

摘要(Abstract):

【目的】从枣全基因组中鉴定类甜蛋白(thaumatin like protein,TLP)基因,为枣TLP基因的功能研究与利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法从枣基因组数据库中鉴定TLP基因家族成员,并对基因结构、进化、启动子区顺式作用元件和密码子使用性等进行分析。【结果】共鉴定到34个枣TLP基因,位于9条染色体上,分为4种结构类型,基因结构相对较简单;系统发育进化分析归为9个聚类组,其中聚类组5和聚类组6中的成员最多;基因启动子区发现多个与增强基因表达、激素响应和胁迫响应相关的元件;基因密码子使用偏性弱,基因进化主要受碱基突变的影响。【结论】枣基因组中含有34个TLP基因家族成员,数量相对偏少;在植物生长、果实发育和抵御胁迫过程中发挥作用;进化过程中主要受突变选择压力影响。该研究为TLP基因家族的功能分析和遗传育种应用提供了参考和借鉴。

关键词(KeyWords): 枣;类甜蛋白;生物信息学;密码子使用性

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金(31460179、31760103);; 云南省地方本科高校基础研究联合专项(2017FH001-034)

作者(Author): 刘潮;韩利红;王海波;高永;唐利洲;

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