果树学报

2020, v.37(12) 1811-1820

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枇杷EjWRKY15基因克隆与蛋白特性分析
Gene cloning and protein characterization analysis of EjWRKY15 in loquat

李晓颖;徐红霞;陈俊伟;

摘要(Abstract):

【目的】克隆枇杷EjWRKY15基因并对其组织表达模式及蛋白特性进行分析。【方法】从枇杷转录组数据库中获得EjWRKY15基因ORF序列,克隆该基因,对获得的基因序列进行遗传进化分析,并通过qRT-PCR探究其在不同组织中的表达模式。同时对EjWRKY15蛋白分子的理化特性、磷酸化位点、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和亚细胞定位等蛋白特性进行预测分析。【结果】枇杷EjWRKY15基因含有开放阅读框951 bp,共编码316个氨基酸,具有WRKY家族典型结构特征。系统进化结果表明,EjWRKY15序列与苹果WRKY61序列同源度高达95%,说明从进化角度来看,EjWRKY15与苹果WRKY61的亲缘关系最为密切。实时荧光定量PCR分析结果显示,该基因具有组织表达特异性,在根中相对表达量较高,果实次之;对EjWRKY15蛋白进行理化性质测定,其分子质量为35.79 kDa,等电点为5.09,脂溶指数为56.45,不稳定性指数为69.72,平均亲水性为-0.598,为亲水性蛋白。该蛋白含有33个磷酸化位点,包含丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Try),数量分别为25、6、2个。蛋白质二级结构预测结果表明,EjWRKY15蛋白以α螺旋和无规卷曲为主,分别占30.70%和56.65%,其次是延伸链8.27%和β角4.43%。同时,三级结构分析表明,该蛋白的结构域主要由4个β-折叠组成,β-折叠1为WRKYGQK,β-折叠2为RSYYKC,β-折叠3为GVRKHVER,β-折叠4为AVVTTY。另外,预测结果证实了EjWRKY15蛋白不含信号肽,也不是同时含有跨膜区的分泌蛋白。亚细胞定位预测和验证结果都显示EjWRKY15基因定位于细胞核中。【结论】本研究结果为深入探究EjWRKY15基因在枇杷不同生长发育时期的分子生物学功能及其响应逆境调控机制的研究奠定了良好的基础。

关键词(KeyWords): 枇杷;EjWRKY15;基因克隆;RT-PCR;蛋白特征预测;亚细胞定位

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金青年科学基金(31601734);; 浙江省农业新品种选育重大科技专项(2016C02052-3);; 台州院地合作项目(TZ2018006);; 浙江省重点研发计划项目(2018C02011)

作者(Author): 李晓颖;徐红霞;陈俊伟;

Email:

DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20200084

参考文献(References):

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