果树学报

2006, (03) 479-485

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柑橘密码子用法分析
Analysis of codon usage in citrus

胡桂兵;张上隆;徐昌杰;林顺权;

摘要(Abstract):

采用高频密码子分析法,对柑橘的177个蛋白质编码基因序列(codingDNAsequence,CDS)进行了分析,计算出同义密码子相对使用频率(relativefrequencyofsynonymouscodon,RFSC),确定了TAA、GCT、GAT、CTT、AGG、AGA和GTT等7个高频密码子。将柑橘的密码子使用频率与人、果蝇、酵母和大肠杆菌等不同种类模式生物比较后发现,柑橘密码子的偏爱性与不同种类生物有不同程度的差异;但将柑橘的密码子使用频率与拟南芥、番茄、水稻和尖叶蕉等不同种类的植物相比,发现柑橘密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥、番茄完全一样,而与水稻、尖叶蕉这2种单子叶植物均有较大的差异。分析结果对动物或微生物的基因在柑橘中的表达或柑橘基因在微生物中的表达以及基因克隆时设计引物具有一定指导意义。

关键词(KeyWords): 柑橘;密码子用法;高频密码子;密码子偏爱性

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 国家自然科学基金资助项目(编号:30100125);; 广东省农业重大专项(编号:2002A208020202;2003A2010202)。

作者(Author): 胡桂兵;张上隆;徐昌杰;林顺权;

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参考文献(References):

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