果树学报

2019, v.36(04) 410-420

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纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因筛选及功能预测
Screening and functional prediction of differential expression genes at lignification stage of endocarp in ‘Zhipi' walnut

鱼尚奇;贾昌路;宋岩;刘春花;郭永翠;张文涛;陈立平;张锐;

摘要(Abstract):

【目的】综合分析纸皮核桃内果皮硬化期转录本表达情况,获得3个代表样本间差异表达基因,为系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下基础。【方法】采用转录组测序技术对其内果皮硬化期3个样品测序,利用生物信息学方法和软件筛选样本间的差异表达基因并进行生物学功能预测。【结果】通过Trinity软件拼接得到76 814条Unigene,筛选出了609个差异表达基因,利用Gene Ontology和KEGG数据库对差异表达基因注释,发现差异表达基因显著富集在植物激素信号转导、苯丙烷类生物合成、苯丙氨酸代谢、ABC转运子合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等途径中。【结论】筛出了纸皮核桃内果皮硬化期差异表达基因显著富集的主要代谢途径,为今后系统研究纸皮核桃内果皮木质化的分子机理打下了良好基础。

关键词(KeyWords): 核桃内果皮;差异表达基因;表达模式分析;功能显著性富集分析

Abstract:

Keywords:

基金项目(Foundation): 兵团南疆重点产业创新发展支撑计划(2017DB006);; 国家自然科学基金(31260469);; 研究生科研创新项目(TDGRI201716)

作者(Author): 鱼尚奇;贾昌路;宋岩;刘春花;郭永翠;张文涛;陈立平;张锐;

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参考文献(References):

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